Чтобы убрать установленный маркер, необходимо заново выделить текста с маркером (необязательно точно, главное чтобы выделение пересекало имеющийся маркер) и повторно выбрать действие «Маркер» — маркирование уберётся. (Если необходимо удалить все маркеры в книге, можно через какой-либо файловый менеджер Android'a удалить расположенный рядом с книгой файл <Имя файла книги>.mrk)