В отдельный файл для каждой книги, расположенный рядом с файлом книги. (Т.е. при сохранении первой цитаты создаётся файл с именем <Названия файла книги>.cite.txt. Последующие цитаты из данной книги дописываются в данный файл.)
В один файл cite.txt, расположенный в папке AlReader/sync/cites на карте памяти. (При этом для каждой цитаты указывается имя файла книги, из которой делается цитата). Если предварительно создать в папке AlReader/sync/cites подпапки (без вложенности), то при добавлении цитаты можно будет выбирать разделы, соответствующие названиям папок, и цитаты будут сохраняться в файлы cite.txt внутри данных папок.
Если книги находятся на карте памяти, доступной только для чтения (системное ограничение Android 4.4 KitKat), цитаты сохраняются только в папку AlReader'а.